Năm 1820, trước sự từ chối Bá tước John Capodistria, và sau là của bộ trưởng đối ngoại Nga về việc chấp nhận làm lãnh đạo của Filiki Eteria, một vị trí sau đó được đề nghị cho Ypsilantis, người sau đó được bầu làm lãnh đạo của tổ chức bí mật này. Sau đó, ông đã tiến hành thông qua và chấp nhận kế hoạch tổ chức chiến tranh giành độc lập Hy Lạp, vốn được sửa lại tháng 5 năm 1820 tại Bucharest, với sự tham gia của các đại uý nổi dậy từ chính quốc Hy Lạp.

Những điểm chính của kế hoạch là:

• trợ giúp các cuộc nổi dậy tự phát của người Serbs và Montenegrins.
• tiến hành nổi dậy ở Wallachia, cũng bằng cách chiêu mộ quân nổi dậy từ các vùng đất Serbia, những người đã kinh qua hai cuộc nổi dậy thứ nhất và thứ hai của người Serbia.
• tiến hình bạo động dân sự tại Istanbul và sử dụng chất đống để để phóng hoả hạm đội Ottoman tại bến cảng của thành phố.
• bắt đầu cách mạng Hy Lạp tại Peloponnese, sau khi Ypsilantis đến đây.